Für eine Kosten-Nutzen-Analyse sind verschiedene vorbereitende Maßnahmen notwendig. Zuerst müssen die Kosten für das Endprodukt oder das Projekt errechnet werden. Neben den direkten Kosten müssen ebenfalls die indirekten Kosten mit betrachtet werden. Dazu kommen immaterielle Kosten und Opportunitätskosten, Kosten für verschiedene Risiken und weitere. Demgegenüber muss der Nutzen für ein Endprodukt oder ein Projekt ermittelt werden.
Stehen sich Kosten und Nutzen des jeweiligen Produkts oder des Projekts gegenüber, treffen Firmen eine Entscheidung. Dabei geht es darum, ob die Einführung des Produkts oder die Realisierung eines Projekts sich für das Unternehmen lohnen. Eine Kosten-Nutzen-Analyse wird ebenfalls häufig angewandt, wenn es darum geht, verschiedene Projekte miteinander zu vergleichen. Im Zusammenhang mit einer Kosten-Nutzen-Analyse ist es ebenfalls wichtig, Kosten und Ertrag einer realistischen Prüfung zu unterziehen.
Neben einer wirtschaftlichen Betrachtung von Produkten oder Projekten lässt sich die Kosten-Nutzen-Analyse ebenfalls für weitere Bereiche wie die Messung der Kundenzufriedenheit einsetzen. Dabei geht man genauso vor wie bei einer monetären Verwendung der Kosten-Nutzen-Analyse. Es werden bestimmte, die Kundenzufriedenheit betreffende Parameter den Aufwendungen gegenübergestellt und dann eine realistische Prüfung der Ergebnisse vorgenommen.
So vorteilhaft eine Kosten-Nutzen-Analyse für Unternehmen sein kann, es gibt einige Nachteile, welche Firmen beachten sollten, bevor sie sich für die Durchführung einer Kosten-Nutzen-Analyse entscheiden. Einer der wichtigsten Nachteile ist, dass sämtliche Werte, die für die Kosten-Nutzen-Analyse verwendet werden, auf Schätzungen beruhen. Im ungünstigsten Fall basiert die Kosten-Nutzen-Analyse daher auf subjektiven Meinungen von befragten Personen. Das kann wiederum bedeuten, dass alle berechneten Werte nicht den wirklichen Endkosten beziehungsweise dem Endnutzen entsprechen und sogar abweichen können. Damit einher geht eine Verfälschung der gesamten Analyse. Bei Projekten, die mehrere Monate oder sogar Jahre laufen, kann es sein, dass durch eine zunehmende Inflation die ermittelten Kosten am Ende nicht mehr durch die Ergebnisse der Kosten-Nutzen-Analyse gedeckt sind.